Der australische Geiger Jonathan Allen begann seine musikalische Ausbildung an der Musikschule in Canberra. Als Schüler von Jan Sedivka wurde er bereits während seiner Studienzeit bekannt und trat in ganz Australien als Solist und Kammermusiker auf. Sein Talent sowie seine Begeisterung für Kammermusik führten ihn dazu, die Stelle als Primgeiger des Petra-Streichquartettes zu übernehmen. Das Petra-Streichquartett widmete sich mit viel Enthusiasmus auch zeitgenössischer Musik und spielte im Rahmen der Projekte für die australische Zweihundertjahrfeier zwölf Quartette auf CD ein.
1987 erhielt Jonathan Allen ein Stipendium für internationale Studien. In Kanada und Europa studierte er bei Zoltan Szekely, Lorand Fenyves, Max Rostal und Sandor Vegh und nahm an zahlreichen Meisterkursen teil.

Anschliessend war er im London Symphony Orchestra sowie dem Wiener Kammerorchester tätig. Kurz danach wurde er als Gast-Konzertmeister verschiedener Kammerensembles, u.a. der Wiener Streichersolisten, des Konzertensembles Salzburg und des Klangforums Wien engagiert. 1989 unternahm er als Gast-Konzertmeister des Australian Chamber Orchestras ausgedehnte Tourneen durch Australien, Südamerika und Europa.
Seit 1991 ist er dem Orchester der Oper Zürich verpflichtet. Neben dieser Tätigkeit wirkte er auch als Konzertmeister des Zürcher Kammerorchesters und des Auckland Philharmonia Orchestra sowie als Gast-Konzertmeister des Tasmanian Symphony Orchestras. Inspiriert durch künstlerische Impulse von Gastdirigenten der Oper Zürich wie Nikolaus Harnoncourt und William Christie, widmet sich Jonathan Allen vermehrt auch der Interpretation von alte Musik und tritt mit Ensembles wie „La Scintilla“ und „L’accento“ auf.

Als passionierter Kammermusiker gründete Jonathan Allen das „Ensemble Chamäleon“ sowie das Klaviertrio „Il Trittico“. Er trat auch mit dem Zürcher Streichquintett, den Zürcher Streichersolisten und dem „Trio Sonore“. Zur Zeit konzentrieren sich seine kammermusikalischen Aktivitäten vor allem auf „Il Trittico“. Dieses Ensemble tritt auch in grösserer Besetzung auf; demnächst werden die Quintette von Hermann Goetz und Joachim Raff für die Firma Divox auf CD aufgenommen.
Regelmässig gibt Jonathan Allen Konzerte im In- und Ausland und wirkt bei Radio- und CD-Aufnahmen mit. CD’s sind erschienen bei Arte Nova, Gallo, ProViva und ABC Classics label.
„Il Trittico“ spielte kürzlich bei Arte Nova die vier Klaviertrios von Joachim Raff ein. Diese weltweit erstmals erschienene Gesamtaufnahme wurde von verschiedenen internationalen Zeitschriften wie „The Strad“ und „Musik und Theater“ mit hervorragenden Kritiken ausgezeichnet.